pymol軟體文件格式

❶ Pymol打開PDB文件時退出，提示Python2.7/site-packages/pymol/__init__.py" "$@"。

Adobe可以打開PDB文件。
用 FOXIT PDF reader挺好的，比較小，運行起來也比Adobe快。
可以使用PalmReader打開。
注意：如果想把PDB文件轉換成TXT文件查看，可以使用WavePDB轉。
PDB文件閱讀器
一. 設計思路
好像PC端的PDB文件查看軟體不多，一個PDBingo1.504其英文界面不說，就中文內容也顯示不出就很不方便(都屏蔽成...了)，鑒於這種情況，並且一些電子圖書也只能在模擬器上看，如果碰到不同內碼的漢字更是麻煩，鑒於此我利用工作之餘寫了這個免費程序，方便各位胖友查看PDB文件結果和查看電子圖書，希望我的勞動能給各位帶來方便。
二. 功能介紹
1. 查看PDB文件頭信息，可以修改名稱，模擬器不支持中文PDB名稱文件使用此功能修改比較方便；
2. 查看所有記錄，並顯示各個記錄的偏移地址、長度、屬性、標識等信息；
3. 記錄可以分文本方式、十六進制單記錄以及瀏覽全部方式查看，並可以快速定位；
4. 可以瀏覽標準的電子書文件(包括壓縮格式)；
5. 可以轉換BIG5的電子書為GB格式；
6. 可以轉換GB的電子書為BIG5格式；
7. 可以設置、保存看書的前後景顏色和字體；
8. 可以保存PDB文件內容到文本文件；
三. 軟體特點
1. 完全免費；
2. 完全支持中文；
3. 軟體支持文件拖拽，拖住PDB文件往裡扔即可顯示該文件信息。

參考資料：http://ke..com/subview/1018603/1018603.html

❷ pymol軟體打開PDB文件時顯示如下錯誤 是什麼意思啊求高手指點~

就是路徑有中文造成的，遇到過同樣的問題。試試全英文路徑

❸ pymol怎麼安裝

利用ubuntu的軟體中心搜索pymol，然後點擊安裝即可自動安裝，就這么簡單。

其它的fftw，gromacs,qtiplot等軟體也都可以手動安裝或者使用sudo apt-get install gromacs安裝

❹ 如何用pymol分離受體和配體，然後分別保存成兩個.pdb文件

把autodock對接後的結果保存出來，用DS裡面的疊合功能把這些小分子和原始配體疊合一下就行了。用PYMOL可以做的。

將autodock的小分子導出PDB格式，大分子部分也導出PDB格式。在maestro中有merge這一項，整合成一個完成的complex形式。在PYMOL中與晶體復合物align，可以得到疊合模式圖。

受體與配體之間結合的結果是受體被激活，並產生受體激活後續信號傳遞的基本。在生理條件下，受體與配體之間的結合不通過共價鍵介導，主要靠離子鍵、氫鍵、范德華力和疏水作用而相互結合。受體在與配體結合時，具有飽和性、高親和性、專一性、可逆性等特性。

(4)pymol軟體文件格式擴展閱讀：

PyMOL適用於創作高品質的小分子或是生物大分子（特別是蛋白質）的三維結構圖像。軟體的作者宣稱，在所有正式發表的科學文獻中的蛋白質結構圖像中，有四分之一是使用PyMOL來製作。

PyMOL是少數可以用在結構生物學領域的開放源代碼視覺化工具。

軟體以Py+MOL命名：「Py」表示它是由一種計算機語言Python所衍生出來的，「MOL」表示它是用於顯示分子（英文為molecule）結構的軟體。

❺ 如何用pymol做動畫

需要准備的工作： 找到合適的目標蛋白：具有兩個不同的構像結構的蛋白，序列最好相同 Google下載morph_dist.inp這個文件 下載安裝Yale University提供的Crystallography&NMR System這個軟體[2]，建議在linux系統里安裝 下載安裝pymol軟體[3] Window movie maker 或者其他任何可以利用圖片生成動畫的軟體具體操作：用pymol將兩個蛋白align在一起保存（右邊控制欄Aalignto molecule--），align之後保存文件（save molecule as） 將morph_dist.inp這個文件保存到與兩個蛋白pdb文件相同的路徑下，用文本編輯器打開，將其中的initial pdb和final pdb改成自己的兩個pdb文件名。即分別為初始狀態和最終狀態。例如，自己保存的兩個蛋白為A.pdb和B.pdb，則改成： initial="A.pdb"; final="B.pdb"; 3. 在安裝有CNS軟體的linux機器上打開terminal，進入到文件保存的路徑（cd 命令進入路徑），輸入cns，回車 4. 輸入 @morph_dist.inp 命令，軟體就會自己開始計算中間態pdb了，默認生成的是20個pdb。名字為frame*.pdb 5. 運行結束後輸入以下幾行命令： mv frame0.pdb frame00.pdb mv frame1.pdb frame01.pdb mv frame2.pdb frame02.pdb mv frame3.pdb frame03.pdb mv frame4.pdb frame04.pdb mv frame5.pdb frame05.pdb mv frame6.pdb frame06.pdb mv frame7.pdb frame07.pdb mv frame8.pdb frame08.pdb mv frame9.pdb frame09.pdb ls frame*pdb |awk '{print ("load",$0",mov,"NR) }' load_overall.pml 其作用是使名字格式統一，並將所有pdb整合到一個文件當中，即load_overall.pml 6. 這時候才用到pymol。打開pymol，在命令欄中輸入 @ load_overall.pml， 這時候就能看到結構了。不過看到的不是20個結構，二十20個中的第一個，右邊有顯示1/20的字樣。

❻ pymol怎麼找到正面

雙擊PDB文件打開PyMOL，會自動切換工作目錄到該PDB文件所在目錄。從軟體安裝處打開PyMOL，則工作目錄為軟體安裝目錄。1.4下載蛋白從PDB網站上下載蛋白，如4hbk.pdb，也可以直接通過。
主要講述PyMOL中常見的圖形界面(滑鼠)操作PyMOL軟體界面介紹_PyMOL軟體界面如下圖所示，主要由2部分組成。
第一部分是菜單窗口和第二部分是顯示窗口。

❼ pymol怎麼做b-factor-value圖

#include

struct calc_parser : boost::spirit::qi::grammar {

calc_parser() : calc_parser::base_type(expression) {

using boost::spirit::qi::double_;

using boost::spirit::qi::_1;

expression = term [_val=_1]

term = factor [_val=_1]

>> *( ('*' >> factor [_val=_val*_1])

| '(' >> expression [_val=_1] >> ')'

| ('+' >> factor [_val=_1])

| ('-' >> factor [_val=-_1])

概述

PyMOL適用於創作高品質的小分子或是生物大分子（特別是蛋白質）的三維結構圖像。軟體的作者宣稱，在所有正式發表的科學文獻中的蛋白質結構圖像中，有四分之一是使用PyMOL來製作。

PyMOL是少數可以用在結構生物學領域的開放源代碼視覺化工具。軟體以Py+MOL命名：「Py」表示它是由一種計算機語言Python所衍生出來的，「MOL」表示它是用於顯示分子（英文為molecule）結構的軟體。

❽ pymol 怎麼載入plugin

結構修正時遇到的問題和用到的小tips： 25 分子置換的步驟 . 26 COOT中添加小分子的方法 .. 26 如何畫出氫鍵 .. 26 Pymol的筆記 軟體安裝與初始設置 安裝python先，在windows7里msi右鍵中沒有「以管理員許可權運行」的選項，寫一個批處理（.bat文件）來運行msi進行安裝，bat文件有這個選項。 .bat文件內容如下：（D:\Temp\，是msi文件的目錄，pyt.msi是msi文件名，pyt是為了方便， pymol安裝用的msi文件名的簡寫） msiexec /i D:\Temp\pyt.msi 新版的pymol安裝在python27目錄下，pymolrc文件需要拷貝到"C:\Users\YOU"，啟動文件為PyMOL目錄下的pymol.exe。 如果不能載入pymolrc，可以運行PyMOL目錄下的pymol.cmd，再不行就試運行一次C:\Python27\Scripts\pymol.cmd。 Pml格式的右鍵菜單 後綴名為pml的文件，打開方式可以用普通方法設定。 windows7下右鍵菜單添加「編輯」，並將「編輯」關聯為記事本的方法如下： 在注冊表編輯器里，HKEY_CLASSES_ROOT>pml_auto_file-shell下建立新項：edit，再建立新項：command，值為： "C:\Windows\System32\N

❾ pymol是什麼軟體

Pymol 是一個結構顯示和分析程序.
它是用python編寫的所以叫pymol，相應的還有Jmol 等。
Pymol 的好處是做出來的圖很炫。很多牛人用它做圖發文章，蛋白質結構預測裡面現在最牛的Baker，他們2005年Science的文章中那些漂亮的圖可都是Pymol做出來的。
再者Pymol是開源的（1.0之前的版本現在還是開源的，1.0版以後可以申請教師用的免費版,現在版本是1.0），Python也是開源的。以後大家可以對Pymol進行擴展，打造自己的三維結構顯示軟體。
Pymol可以精確定量你的操作，並放在一個文件中(或者是記錄這時的狀態）。
下次你用Pymol再打開這個文件時，你做的圖就會重新出現，你所做的一切都保留下來了，不用重新在做一遍。 不會出現這次做出的圖比上次少轉了3-5度這樣的事。Pymol還可以對pdb文件進行編輯，修改，它選擇原子、分子、殘基等也非常方便！ 還有很多好處比如從虛擬氨基酸突變，到ray方法產生真正的三維立體陰影圖。

❿ pymol怎麼導出動畫

建議通過PyMol導出圖片,然後藉助ScreenToGif將圖片轉換成gif動畫。打開ScreenToGif,選擇編輯器模式,點擊文中中的媒體或項目,選中所有的幀圖片上傳到軟體中,點擊編輯標簽,選中所有圖片,在重新設置中,設置每一幀的延時時間,最後點擊文件,另存為gif文件就可以了。使用圖片幀的方式製作動畫的時候,保存的圖片背景不能是透明的,否則會出現重影的現象。默認導出圖片背景是透明的,點擊右上角draw/ray,取消勾選transparent。」