pymol软件文件格式

❶ Pymol打开PDB文件时退出，提示Python2.7/site-packages/pymol/__init__.py" "$@"。

Adobe可以打开PDB文件。
用 FOXIT PDF reader挺好的，比较小，运行起来也比Adobe快。
可以使用PalmReader打开。
注意：如果想把PDB文件转换成TXT文件查看，可以使用WavePDB转。
PDB文件阅读器
一. 设计思路
好像PC端的PDB文件查看软件不多，一个PDBingo1.504其英文界面不说，就中文内容也显示不出就很不方便(都屏蔽成...了)，鉴于这种情况，并且一些电子图书也只能在模拟器上看，如果碰到不同内码的汉字更是麻烦，鉴于此我利用工作之余写了这个免费程序，方便各位胖友查看PDB文件结果和查看电子图书，希望我的劳动能给各位带来方便。
二. 功能介绍
1. 查看PDB文件头信息，可以修改名称，模拟器不支持中文PDB名称文件使用此功能修改比较方便；
2. 查看所有记录，并显示各个记录的偏移地址、长度、属性、标识等信息；
3. 记录可以分文本方式、十六进制单记录以及浏览全部方式查看，并可以快速定位；
4. 可以浏览标准的电子书文件(包括压缩格式)；
5. 可以转换BIG5的电子书为GB格式；
6. 可以转换GB的电子书为BIG5格式；
7. 可以设置、保存看书的前后景颜色和字体；
8. 可以保存PDB文件内容到文本文件；
三. 软件特点
1. 完全免费；
2. 完全支持中文；
3. 软件支持文件拖拽，拖住PDB文件往里扔即可显示该文件信息。

参考资料：http://ke..com/subview/1018603/1018603.html

❷ pymol软件打开PDB文件时显示如下错误 是什么意思啊求高手指点~

就是路径有中文造成的，遇到过同样的问题。试试全英文路径

❸ pymol怎么安装

利用ubuntu的软件中心搜索pymol，然后点击安装即可自动安装，就这么简单。

其它的fftw，gromacs,qtiplot等软件也都可以手动安装或者使用sudo apt-get install gromacs安装

❹ 如何用pymol分离受体和配体，然后分别保存成两个.pdb文件

把autodock对接后的结果保存出来，用DS里面的叠合功能把这些小分子和原始配体叠合一下就行了。用PYMOL可以做的。

将autodock的小分子导出PDB格式，大分子部分也导出PDB格式。在maestro中有merge这一项，整合成一个完成的complex形式。在PYMOL中与晶体复合物align，可以得到叠合模式图。

受体与配体之间结合的结果是受体被激活，并产生受体激活后续信号传递的基本。在生理条件下，受体与配体之间的结合不通过共价键介导，主要靠离子键、氢键、范德华力和疏水作用而相互结合。受体在与配体结合时，具有饱和性、高亲和性、专一性、可逆性等特性。

(4)pymol软件文件格式扩展阅读：

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。

软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。

❺ 如何用pymol做动画

需要准备的工作： 找到合适的目标蛋白：具有两个不同的构像结构的蛋白，序列最好相同 Google下载morph_dist.inp这个文件 下载安装Yale University提供的Crystallography&NMR System这个软件[2]，建议在linux系统里安装 下载安装pymol软件[3] Window movie maker 或者其他任何可以利用图片生成动画的软件具体操作：用pymol将两个蛋白align在一起保存（右边控制栏Aalignto molecule--），align之后保存文件（save molecule as） 将morph_dist.inp这个文件保存到与两个蛋白pdb文件相同的路径下，用文本编辑器打开，将其中的initial pdb和final pdb改成自己的两个pdb文件名。即分别为初始状态和最终状态。例如，自己保存的两个蛋白为A.pdb和B.pdb，则改成： initial="A.pdb"; final="B.pdb"; 3. 在安装有CNS软件的linux机器上打开terminal，进入到文件保存的路径（cd 命令进入路径），输入cns，回车 4. 输入 @morph_dist.inp 命令，软件就会自己开始计算中间态pdb了，默认生成的是20个pdb。名字为frame*.pdb 5. 运行结束后输入以下几行命令： mv frame0.pdb frame00.pdb mv frame1.pdb frame01.pdb mv frame2.pdb frame02.pdb mv frame3.pdb frame03.pdb mv frame4.pdb frame04.pdb mv frame5.pdb frame05.pdb mv frame6.pdb frame06.pdb mv frame7.pdb frame07.pdb mv frame8.pdb frame08.pdb mv frame9.pdb frame09.pdb ls frame*pdb |awk '{print ("load",$0",mov,"NR) }' load_overall.pml 其作用是使名字格式统一，并将所有pdb整合到一个文件当中，即load_overall.pml 6. 这时候才用到pymol。打开pymol，在命令栏中输入 @ load_overall.pml， 这时候就能看到结构了。不过看到的不是20个结构，二十20个中的第一个，右边有显示1/20的字样。

❻ pymol怎么找到正面

双击PDB文件打开PyMOL，会自动切换工作目录到该PDB文件所在目录。从软件安装处打开PyMOL，则工作目录为软件安装目录。1.4下载蛋白从PDB网站上下载蛋白，如4hbk.pdb，也可以直接通过。
主要讲述PyMOL中常见的图形界面(鼠标)操作PyMOL软件界面介绍_PyMOL软件界面如下图所示，主要由2部分组成。
第一部分是菜单窗口和第二部分是显示窗口。

❼ pymol怎么做b-factor-value图

#include

struct calc_parser : boost::spirit::qi::grammar {

calc_parser() : calc_parser::base_type(expression) {

using boost::spirit::qi::double_;

using boost::spirit::qi::_1;

expression = term [_val=_1]

term = factor [_val=_1]

>> *( ('*' >> factor [_val=_val*_1])

| '(' >> expression [_val=_1] >> ')'

| ('+' >> factor [_val=_1])

| ('-' >> factor [_val=-_1])

概述

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。

❽ pymol 怎么加载plugin

结构修正时遇到的问题和用到的小tips： 25 分子置换的步骤 . 26 COOT中添加小分子的方法 .. 26 如何画出氢键 .. 26 Pymol的笔记 软件安装与初始设置 安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处理（.bat文件）来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。 .bat文件内容如下：（D:\Temp\，是msi文件的目录，pyt.msi是msi文件名，pyt是为了方便， pymol安装用的msi文件名的简写） msiexec /i D:\Temp\pyt.msi 新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到"C:\Users\YOU"，启动文件为PyMOL目录下的pymol.exe。 如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的pymol.cmd，再不行就试运行一次C:\Python27\Scripts\pymol.cmd。 Pml格式的右键菜单 后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。 windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的方法如下： 在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOT>pml_auto_file-shell下建立新项：edit，再建立新项：command，值为： "C:\Windows\System32\N

❾ pymol是什么软件

Pymol 是一个结构显示和分析程序.
它是用python编写的所以叫pymol，相应的还有Jmol 等。
Pymol 的好处是做出来的图很炫。很多牛人用它做图发文章，蛋白质结构预测里面现在最牛的Baker，他们2005年Science的文章中那些漂亮的图可都是Pymol做出来的。
再者Pymol是开源的（1.0之前的版本现在还是开源的，1.0版以后可以申请教师用的免费版,现在版本是1.0），Python也是开源的。以后大家可以对Pymol进行扩展，打造自己的三维结构显示软件。
Pymol可以精确定量你的操作，并放在一个文件中(或者是记录这时的状态）。
下次你用Pymol再打开这个文件时，你做的图就会重新出现，你所做的一切都保留下来了，不用重新在做一遍。 不会出现这次做出的图比上次少转了3-5度这样的事。Pymol还可以对pdb文件进行编辑，修改，它选择原子、分子、残基等也非常方便！ 还有很多好处比如从虚拟氨基酸突变，到ray方法产生真正的三维立体阴影图。

❿ pymol怎么导出动画

建议通过PyMol导出图片,然后借助ScreenToGif将图片转换成gif动画。打开ScreenToGif,选择编辑器模式,点击文中中的媒体或项目,选中所有的帧图片上传到软件中,点击编辑标签,选中所有图片,在重新设置中,设置每一帧的延时时间,最后点击文件,另存为gif文件就可以了。使用图片帧的方式制作动画的时候,保存的图片背景不能是透明的,否则会出现重影的现象。默认导出图片背景是透明的,点击右上角draw/ray,取消勾选transparent。”